Uprave
Statutom Agencije za sigurnost željezničkog prometa i Pravilnikom o unutarnjem ustrojstvu i sistematizaciji radnih mjesta Agencije određeni su nazivi unutarnjih ustrojstvenih jedinica u sastavu Agencije.
Obavljanje svih djelatnosti Agencije predviđeno je u 5 uprava i to:
Uprava za željezničku infrastrukturu
Uprava za željezničku infrastrukturu obavlja poslove iz djelokruga Agencije koji se odnose na upravljanje i reguliranje sustava sigurnosti željezničkog prometa vezano uz željezničku infrastrukturu i upravitelja željezničke infrastrukture, a posebno u pogledu željezničkih infrastrukturnih podsustava (građevinskih, prometno-upravljačkih, signalno-sigurnosnih i elektroenergetskih podsustava) te ostalih funkcionalnih dijelova i opreme željezničke infrastrukture.
Uprava za željezničke prijevoznike
Uprava za željezničke prijevoznike obavlja poslove iz djelokruga Agencije koji se odnose na upravljanje i reguliranje sustava sigurnosti željezničkog prometa vezano uz obavljanje željezničkog prijevoza, odnosno željezničke prijevoznike i pravne osobe koje obavljaju prijevoz za vlastite potrebe, a posebno u pogledu obavljanja usluga javnoga prijevoza putnika i tereta u željezničkom prometu i obavljanja prijevoza za vlastite potrebe.
Uprava za željeznička vozila
Uprava za željeznička vozila obavlja poslove iz djelokruga Agencije koji se odnose na upravljanje i reguliranje sustava sigurnosti željezničkog prometa vezano uz željeznička vozila i njihovo održavanje, vlasnike i posjednike željezničkih vozila te pravne i fizičke osobe ovlaštene za održavanje željezničkih vozila.
Uprava za pravne, ekonomske i opće poslove
Uprava za pravne poslove, financije, kontrolu i evidencije obavlja pravne, ekonomske, stručne i administrativno-tehničke poslove za potrebe Agencije.
Uprava za poslove inspekcije
Uprava za poslove inspekcije obavlja poslove iz djelokruga Agencije koji se odnose na stručni nadzor nad primjenom zakona i drugih propisa te izvršenjem općih i pojedinačnih akata iz područja upravljanja i reguliranja sustava sigurnosti željezničkog prometa. (Napomena: Radna mjesta u navedenoj upravi nisu sistematizirana.)